Ekzom sıralaması fərdin genetik kodundakı DNT ardıcıllığının sırasını təyin etmək və genetik qüsurları aşkar etmək üçün istifadə edilən bir üsuldur.
BÜTÜN EKZOM SIRALAMA (WES)
Ekzom sıralaması fərdin genetik kodundakı DNT ardıcıllığının sırasını təyin etmək və genetik qüsurları aşkar etmək üçün istifadə edilən bir üsuldur.Günümüzdə bu texnika genetik variasiyaları müəyyən etmək üçün səhiyyə sektorunda tətbiq edilir və daha çox tədqiqatlarda istifadə olunur. Xəstəliyi tətiklədiyi bilinən bir çox mutasiya ekzomda meydana gəlir. Ekzom sıralamasının xəstəliyə səbəb olan mutasiyaları müəyyən etmək üçün effektiv üsul olduğu düşünülür. Ekzom və genom ardıcıllığının davamlı müayinəsi gələcəkdə xəstəliyin diaqnozuna kömək edəcəkdir. Bundan əlavə, yeni genetik variasiyaların sağlamlıq vəziyyəti ilə əlaqəli olub olmadığını müəyyənləşdirir.
Ekzom sıralama üsulu ilə yalnız seçilmiş bir neçə genin deyil, istənilən genin zülal kodlaşdırma bölgəsindəki variasiyaların müəyyənləşdirməsinə və informasiya verməsinə imkan verir. Ekzom sıralaması, genomun zülal kodlaşdıran bölgələrini hədəf alan bütün ekzom sıralama texnologiyası ilə öncədən aşkar edilməmiş naməlum xəstəliklər üçün yeni səbəbli mutasiyaların müəyyən edilməsində uğurlu olduğunu sübut etmişdir. Xüsusilə, xəstəliyin inkişafının qarşısını almaq və ya hələ diaqnoz qoyulmamış bir xəstəliyin müalicəsinə başlamaq qabiliyyətini artırmaq potensialına malikdir. Müvafiq olaraq, ekzom sıralaması ilə genetik xəstəlik və xərçəng tədqiqatları da daxil olmaqla geniş tətbiqlərdə kodlaşdırma variantları uğurlu şəkildə müəyyən edilə bilər. Bu üsul, xüsusilə klinik və laboratoriya müayinələri ilə diaqnozu qoyula bilməyən genetik xəstəliklərin və bir çox genin cavabdeh olduğu diğer xəstəliklərin aşkarlanması üçün istfadə olunan yeni nəsil sıralama üsullarından biridir. Bu kontekstdə, ekzom sıralama datalarının müvafiq metodla təfsiri və hər bir xəstə üçün əldə edilən informasiyanın dəqiq və təhlükəsiz hesabatı genomik informatika və klinik tibb sahələrində uzmanlıq tələb edir. Bundan əlavə, test genetik xərçəngə meyllilik, qohum evliliyi olan şəxslərin riskli hamiləlik/uşaq olma ehtimalının qiymətləndirilməsi və klinik təqib gərəkən xəstələrin aşkarlanması kimi hallarda şərh edə bilər. Bu testin məqsədi, 2021-ci ilin məlumatlarına görə, bir anda, daha az xərclə və qısa müddətdə 20.500 geni nəticələndirməkdir.
Ekzom sıralaması məlumatlarının qiymətləndirilməsi, klinik tapıntılara və fərdlərin ailə tarixçələrinə uyğun olaraq mövcud elmi dataların işığında aparılır. Günümüzdə insanlarda var olan 20.500-dən çox gendən 8.000-nin xəstəliklərlə əlaqəli olduğu bilinir. Pasiyentdə araşdrılan xəstəliklər/müəyyən edilmiş semptomlar ədəbiyyatda bildirilmiş halların tapıntıları baxımından qiymətləndirilir aşkar edilmiş variantların patogenliyi ACMG (American College of Medical Genetics) meyarlarına uyğun olaraq in silico qiymətləndirmə vasitələrinin təhlili(SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster, MetaLR..) ilə bildirilir. Bu araşdırmalar nəticəsində xəstənin diaqnozu üçün mümkünsə müalicə üsullarını müəyyən etmək, ailə üzvlərini müayinə edərək xəstəlik/daşıyıcı risk altında olan şəxsləri aşkar etmək və sonrakı hamiləliklərdə bu xəstəliyin qarşısını almaq mümkündür. Analizlərin nəticələri normal şəraitdə təxminən 1-2 ay çəkir.
Ekzom sıralamada;
• 20,500 genin sıralama analizi
• Kopya sayısındaki dəyişikliklər
• Klinik əhəmiyyətli HLA variantları qiymətləndirilir.
Təhlildə;
• Xəstənin klinik nəticələrini izah edə bilən variantlar
• Şəxsin istəməsi halında, gələcək həyatında mühüm əhəmiyyət kəsb edəcək və müalicə oluna biləcək variantlar raport edilir.
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/acmg/ internet səhifəsi və bənzəri.)
Təhlil dörd mərhələdən ibarətdir;
• Laboratoriyada data yaradılması
• Bioinformatika
• Klinik qiymətləndirmə
• Təsdiq
Keyfiyyətli təhlil üçün;
• Laboratoriyada hazırlanmış məlumatların həlli
• Bioinformatikada məlumatların işlənməsi, keyfiyyətin qiymətləndirilməsi və yüksək riskli variantların müəyyən edilməsi
• Xəstənin müayinəsi və qiymətləndirilməsində təcrübəli bir həkimin prosesi nəzərdən keçirməsi və klinik perspektivi
• Əldə edilmiş məlumatların təsdiqi, ailə skrininqi və aşkar edilmiş variantın patogenliyinin qiymətləndirilməsi üçün tələb olunan əlavə analizlər (RNT ardıcıllığı, Western Blot, xəstədən rentgen, biokimya kimi əlavə testlərin tələb edilməsi və qiymətləndirilməsi)
• Mərkəz daxilindəki məlumatlardan əldə edilən statistikaya sahib olmaq
• Diaqnozu qoyulmamış və ya şübhəli xəstələrin məlumatları müvafiq intervallarla nəzərdən keçirilməli və mövcud ədəbiyyata istinadən yenidən şərh edilməlidir.
Hesabat;
Analiz komandası tərəfindən əldə edilən məlumatların xəstə və klinisistə faydalı olacaq şəkildə klinik hesabata çevrilməsi prosesidir. Məlumat toplusundan seçilmiş variantların düzgün təfsiri və klinisistin istiqamətləndirilməsi üçün lazımi dataları ehtiva edən hesabatlar hazırlanır.