KML (Kronik Miyeloid Lösemi) Panelleri

KML Temel/Geniş Panelleri

KML Temel Paneli, yeni tanı kronik miyeloid lösemi (KML) olgularında Philadelphia kromozomu/BCR::ABL1 pozitif hastalığın kromozom analizi, BCR::ABL1 FISH ve moleküler yöntemlerle bütüncül olarak değerlendirilmesi, ek kromozomal anomalilerin araştırılması ve moleküler izlem için uygun bazal verinin oluşturulması amacıyla hazırlanmıştır. KML Geniş Paneli ise Temel bileşenlerinin tamamına ek olarak MECOM (3q26.2) break-apart FISH, RNA-NGS/geniş füzyon-transkript analizi ve hedefli DNA-NGS ile genişletilmiş sitogenetik ve moleküler karakterizasyon sağlar. Temel ve Geniş bağımsız olarak istem edilebilir; Geniş seçildiğinde Temel bileşenleri ayrıca istem gerektirmeden Plus kapsamında uygulanır. Bu panel, klinik/hematolojik değerlendirme ile kemik iliği morfolojik incelemesinin yerini almaz; ELN 2025 başlangıç değerlendirmesinde kemik iliği morfolojisi ve kromozom bant analizi birlikte önerilmektedir.

KML Temel = Kromozom analizi (kemik iliği) + BCR::ABL1 FISH + BCR::ABL1 RT-qPCR [p210 (Mbcr) / p190 (mbcr); moleküler doğrulama ve bazal kantitatif düzey] + p210 pozitif olgularda refleks BCR::ABL1 transkript tiplendirme (e13a2/e14a2 ayrımı).

KML Geniş = KML Temel + MECOM (3q26.2) break-apart FISH + RNA-NGS/geniş füzyon-transkript analizi + hedefli DNA-NGS/geniş moleküler profil.

Geniş'ta Temel'e eklenen MECOM FISH ve NGS bileşenleri ileri karakterizasyon amacı taşır; ELN 2025'in tüm yeni tanı kronik faz KML olguları için önerdiği rutin asgari tanısal test setiyle eşdeğer değildir.

KML tanısı, uygun klinik ve hematolojik bağlamda BCR::ABL1 füzyonunun gösterilmesine dayanır. Bu nedenle tanısal yaklaşımda kromozom analizi, BCR::ABL1 FISH ve RNA-temelli moleküler yöntemlerin birbirini tamamlayacak şekilde birlikte değerlendirilmesi önemlidir.

Temel Panel kapsamında birbirini tamamlayan yöntemler

Tanıda kemik iliği kromozom analizi ile t(9;22)(q34;q11.2), varyant Ph translokasyonları ve tanı anındaki ek kromozomal anomaliler değerlendirilir. ELN 2025 kapsamında yüksek riskli ACA örnekleri arasında major-route (+8, ek Ph, i(17q), +19, +17, +21), minor-route [-7/del(7q), 11q23, 3q26.2/MECOM] değişiklikleri ve kompleks karyotip yer alır; prognostik etki anomalinin tipi, tek/kombine oluşu ve ortaya çıkış zamanına göre değişebilir.

• BCR::ABL1 yeniden düzenlenmesinin FISH ile değerlendirilmesi; özellikle karyotipte gösterilemeyen kriptik BCR::ABL1 yeniden düzenlenmelerinin saptanmasına ve varyant Ph translokasyonlarında BCR::ABL1 füzyonunun doğrulanmasına katkı sağlar. FISH transkript tipini belirlemez; FISH pozitif olup rutin p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükse nadir/atipik transkriptler RNA-temelli ileri yöntemlerle araştırılır. İnterfaz FISH, ek kromozomal anomalilerin (ACA) değerlendirilmesinde karyotipin yerini almaz.
• BCR::ABL1 RT-qPCR ile kullanılan kitlerin teknik kapsamı içinde BCR::ABL1 mRNA gösterilir; p210 (e13a2/e14a2) veya p190 (e1a2) transkript grubu belirlenir ve bazal kantitatif düzey oluşturulur. p210 Mbcr kiti e13a2/e14a2 transkript grubunu kantifiye eder ancak bu iki transkripti birbirinden ayırmaz. Bu nedenle p210 pozitif olgularda e13a2/e14a2 ayrımı valide ek transkript tiplendirme yöntemiyle refleks olarak yapılır.
• p210 e13a2/e14a2 transkriptlerinde valide RT-qPCR sistemi ile bazal moleküler düzey belirlenir ve sonuç BCR::ABL1 International Scale (IS) üzerinden raporlanır. p190 e1a2 transkriptinde kantitatif sonuç valide referans gene (rutin sistemde ABL1) göre değerlendirilir; IS/MMR uygulanmaz.
• Rutin kit kapsamı dışındaki atipik/nadir BCR::ABL1 transkriptlerinde, transkript ileri yöntemlerle tanımlandıktan sonra transkripte özgü valide RT-qPCR/RT-dPCR ile hastaya özgü bazal düzeye göre bireysel moleküler takip yaklaşımı planlanır.

BCR::ABL1 Rutin Transkript ve Tiplendirme Sınırları

Laboratuvar rutininde ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR (p210) ve ipsogen BCR-ABL1 mbcr (p190) kitleri kullanılmaktadır. p210 Mbcr kiti e13a2 (b2a2) ve e14a2 (b3a2) transkriptlerini, p190 mbcr kiti ise e1a2 transkriptini saptayıp kantifiye eder. Bu nedenle rutin RT-qPCR kapsamı e13a2/e14a2 ve e1a2 ile sınırlıdır. e6a2, e8a2, e19a2, e13a3/e14a3 ve diğer nadir/atipik BCR::ABL1 transkriptleri bu iki kitin rutin analitik kapsamı dışındadır. p210 Mbcr kitinin sonucu p210 transkript grubunu gösterir ve e13a2/e14a2 ayrımı yapmaz. Tedavi öncesinde kesin transkript tipinin belirlenmesi amacıyla p210 pozitif olgularda e13a2/e14a2 ayrımı valide ek yöntemle refleks olarak yapılır. Ayrıca düşük düzey e1a2 sinyali p210 olgularda alternatif splicing ile ilişkili olabileceğinden, p190 BCR::ABL1 yorumu e1a2 düzeyi, eş zamanlı p210 sonucu, hastalık yükü ve sitogenetik bulgularla birlikte yapılmalıdır.

Sınırlı transkript kapsamına sahip bir RT-qPCR sonucunun negatif olması, uygun klinik/sitogenetik bağlamda KML tanısını tek başına dışlamaz. Kromozom analizi/FISH BCR::ABL1 lehine iken rutin p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükse, nadir/atipik BCR::ABL1 füzyonları genişletilmiş RNA temelli analiz (örn. RNA-NGS/WTS veya valide transkripte özgü yöntem) ile araştırılmalıdır. Bu analitik kısıtlılık raporda açıkça belirtilmelidir.

Bazal Moleküler Düzey ve Moleküler İzlem

p210 e13a2/e14a2 BCR::ABL1 transkriptlerini taşıyan hastalarda moleküler yanıt takibi valide RT-qPCR ile yapılır ve sonuçlar International Scale (BCR::ABL1IS) üzerinden değerlendirilir. ABL1, BCR veya GUSB uygun referans genlerdir. p190 e1a2 ve diğer atipik BCR::ABL1 transkriptlerinde sonuçlar IS/MMR ile ifade edilmez; transkripte özgü valide RT-qPCR/RT-dPCR ile tedavi öncesi bazal düzeye göre bireysel moleküler yanıt izlenir. Bu olgularda standart IS/MMR ve IS-temelli TFR kriterleri doğrudan uygulanmaz. Valide RT-dPCR, özellikle çok düşük hastalık düzeylerinde RT-qPCR’ye alternatif olabilir.

Seri BCR::ABL1 ölçümleri tanı panelinin parçası değildir. Tedavi altında moleküler izlem ayrı takip testi olarak planlanır. p210 e13a2/e14a2 olgularında majör moleküler yanıt (MMR) elde edilip doğrulanana kadar genellikle en az 3 ayda bir, stabil MMR veya daha derin yanıt sonrasında ise uygun hastalarda 4-6 aylık aralıklarla izlem yapılabilir. BCR::ABL1 düzeylerinde dalgalanma veya artış olduğunda ve uygun p210 olgularında tedavisiz remisyon (TFR) değerlendirmesi/izlemi sırasında daha sık moleküler takip gerekir. p190/atipik transkriptlerde takip transkripte özgü ve bireyselleştirilmiş olarak yürütülür; standart IS/MMR ve IS-temelli TFR kriterleri doğrudan uygulanmaz.

KML Geniş Bileşenleri ve Ek/İleri Genetik İncelemeler

KML Geniş, Temel'in tüm bileşenlerini (kromozom analizi, BCR::ABL1 FISH, p210/p190 RT-qPCR ve p210 pozitifliğinde refleks transkript tiplendirme) içerir ve bunlara MECOM (3q26.2) break-apart FISH, RNA-NGS/geniş füzyon-transkript analizi ve hedefli DNA-NGS/geniş moleküler profili ekler. Geniş seçildiğinde bu ek analizler panel kapsamında uygulanır. Yalnız Temel istemi yapılan olgularda MECOM FISH ve NGS incelemeleri klinik veya teknik endikasyona göre refleks/ek inceleme olarak planlanabilir. Temel’in rutin BCR::ABL1 RT-qPCR kapsamı p210 e13a2/e14a2 ve p190 e1a2 ile sınırlıdır; FISH pozitif olup rutin p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükse nadir/atipik BCR::ABL1 transkriptleri RNA-temelli ileri yöntemlerle araştırılmalıdır. Seri BCR::ABL1 moleküler izlem ve BCR::ABL1 TKD direnç mutasyon analizi tanı panelinden ayrı takip/tedavi süreci testleridir.

BCR::ABL1 FISH/Doğrulama Analizi

BCR::ABL1 yeniden düzenlenmesinin FISH ile değerlendirilmesi; özellikle karyotipte gösterilemeyen kriptik BCR::ABL1 yeniden düzenlenmelerinin saptanmasına ve varyant Ph translokasyonlarında BCR::ABL1 füzyonunun doğrulanmasına katkı sağlar; metafaz FISH gerekli olgularda yeniden düzenlenmenin kromozomal lokalizasyonunu açıklığa kavuşturabilir. Sonuçlar kromozom analizi ve RT-qPCR ile birlikte yorumlanmalıdır. FISH transkript tipini belirlemez; FISH pozitif olup rutin p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükse nadir/atipik BCR::ABL1 transkriptleri RNA-temelli ileri yöntemlerle araştırılmalıdır. FISH rutin moleküler takipte RT-qPCR'nin ve interfaz FISH ACA değerlendirmesinde tanısal karyotipin yerini almaz.

MECOM (3q26.2) Break-apart FISH / Ek Sitogenetik İnceleme

MECOM (3q26.2) break-apart FISH, Geniş seçildiğinde genişletilmiş sitogenetik karakterizasyon bileşeni olarak uygulanır. Yalnız Temel istemi yapılan olgularda başlangıç karyotipinde 3q26.2 yeniden düzenlenmesini düşündüren bir bulgu saptanması halinde doğrulama/karakterizasyon amacıyla veya hastalık seyri sırasında kompleks/şüpheli sitogenetik bulgu, tedavi başarısızlığı, progresyon ya da ileri hastalık durumlarında ek inceleme olarak değerlendirilebilir. ELN 2025 açısından yeni tanı kronik faz KML’de rutin tanısal gereklilik değildir.

Atipik/Nadir BCR::ABL1 Transkriptleri ± RNA-NGS

RNA-NGS/geniş füzyon-transkript analizi, Geniş seçildiğinde ileri moleküler karakterizasyon bileşeni olarak uygulanır. Rutin RT-qPCR kapsamı dışında kalan e6a2, e8a2, e19a2, e13a3/e14a3 gibi nadir/atipik BCR::ABL1 transkriptleri, kriptik/varyant yeniden düzenlenmeler ve teknik kapsam dahilindeki diğer lösemi ilişkili füzyonları değerlendirebilir. Yalnız Temel istemi yapılan olgularda p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükken KML şüphesi sürüyorsa, sitogenetik-moleküler uyumsuzluk varsa ya da nadir/atipik transkript düşünülüyorsa ek/refleks inceleme olarak planlanabilir. Atipik transkript saptanan hastalarda takip, transkripte özgü valide kantitatif yöntemle bireysel bazal düzeye göre yürütülür.

BCR::ABL1 Direnç Mutasyon Analizi (TKD ± Asciminib İlişkili Bölgeler)

BCR::ABL1 TKD mutasyon analizi yeni tanı kronik faz KML’de rutin olarak önerilmez. TKI tedavisi sırasında ELN warning/unfavorable ile uyumlu yetersiz yanıt, MMR kaybı, direnç gelişimi, hastalık progresyonu veya blast fazı gibi klinik endikasyonlar ortaya çıktığında tedavi sürecinde ek moleküler inceleme olarak istenir. Tercih edilen yöntem, valide cDNA-temelli hedefli NGS analizidir; rutin genomik DNA temelli myeloid panel içindeki ABL1 analizi BCR::ABL1-spesifik direnç mutasyonu taramasının yerine geçmez. Asciminib tedavisi altında direnç gelişen olgularda, klasik TKD’ye ek olarak miyristoil bağlanma cebiyle ilişkili ve gerektiğinde TKD dışındaki ABL1 bölgelerini kapsayan valide dizileme stratejisi kullanılmalıdır.

BCR::ABL1 TKD mutasyon taraması, standart e13a2/e14a2 transkriptlerinde ölçülebilir BCR::ABL1 düzeyinin teknik olarak yeterli olduğu ve BCR::ABL1IS ≥0.1% bulunduğu klinik endikasyonlarda uygulanmalıdır. p190/atipik transkriptlerde IS uygulanmadığından analiz uygunluğu yeterli transkript düzeyi, valide yöntem ve klinik endikasyona göre değerlendirilmelidir. Sonuçlar mevcut TKI, mutasyonun direnç profili, BCR::ABL1 kinetiği ve klinik tablo ile birlikte yorumlanmalıdır. TFR denemesi sonrası MMR kaybında rutin direnç mutasyonu analizi önerilmez; TKI yeniden başlandıktan sonra 3–6 ay içinde MMR yeniden sağlanamazsa mutasyon analizi değerlendirilebilir.

DNA-NGS/Geniş Moleküler Profil ve İleri Hastalık Değerlendirmesi

Geniş seçildiğinde hedefli DNA-NGS/geniş moleküler profil, KML ve hematolojik malignite ilişkili ek somatik SNV/indel değişiklikleri ile valide kapsamda CNV'lerin ileri biyolojik/prognostik karakterizasyonu amacıyla uygulanır. ELN 2025'e göre yeni tanı kronik faz KML'de BCR::ABL1 dışındaki geniş somatik NGS rutin tanısal gereklilik değildir. İlk başvuruda blast fazında olan veya hastalık seyri sırasında blast fazına ilerleyen olgularda kromozom analizi yapılır/tekrarlanır ve blast fenotipine uygun hedefli akut lösemi DNA-NGS paneli önerilir; RUNX1, ASXL1, BCOR, BCORL1, TP53, IKZF1, CDKN2A/B ve klinik bağlama göre IDH1/2, NRAS/KRAS, FLT3 gibi genler değerlendirilebilir. Füzyon/yeniden düzenlenme şüphesinde RNA-NGS/WTS eklenebilir.

Bütüncül Değerlendirme

KML Temel Paneli, tanıda Philadelphia kromozomu/BCR::ABL1 pozitif hastalığın kromozom analizi ve BCR::ABL1 FISH ile sitogenetik değerlendirilmesini, rutin RT-qPCR teknik kapsamı içinde p210 (e13a2/e14a2) ve p190 (e1a2) BCR::ABL1 transkriptlerinin moleküler olarak gösterilmesini ve bazal kantitatif düzeyin oluşturulmasını amaçlar. BCR::ABL1 FISH özellikle karyotipte gösterilemeyen kriptik yeniden düzenlenmeler açısından ek bir tanısal güvenlik katmanı sağlar; ancak transkript tipini belirlemez. Rutin p210 kiti e13a2/e14a2 transkript grubunu kantifiye eder ancak iki transkripti birbirinden ayırmaz; bu nedenle p210 pozitif olgularda e13a2/e14a2 ayrımı valide ek yöntemle refleks olarak yapılır. FISH pozitif olup rutin p210/p190 RT-qPCR negatif veya beklenenden düşükse nadir/atipik transkriptler RNA-temelli ileri yöntemlerle araştırılır. KML Geniş Paneli bağımsız olarak istem edilebilir ve Temel bileşenlerinin tamamına ek olarak MECOM (3q26.2) break-apart FISH, RNA-NGS/geniş füzyon-transkript analizi ve hedefli DNA-NGS/geniş moleküler profili içerir. BCR::ABL1 TKD direnç mutasyon analizi ve seri moleküler izlem ölçümleri tanı panelinden ayrı takip/tedavi süreci testleridir.