T-ALL (T Hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi) Paneli

T-ALL Temel Paneli, yeni tanı T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) olgularında sitogenetik ve moleküler bulguların bütünleşik olarak değerlendirilmesi amacıyla oluşturulmuş bir test yaklaşımıdır.

T-ALL genetik olarak heterojen bir hastalıktır. Kromozomal yeniden düzenlenmeler, kopya sayı değişiklikleri ve gen düzeyindeki varyantlar hastalık biyolojisi, risk değerlendirmesi ve bazı olgularda hedefe yönelik tedavi açısından önem taşıyabilir.

Temel Paneli kapsamında birbirini tamamlayan farklı genetik yöntemler birlikte kullanılmaktadır:

• Kromozom analizi ile kromozom sayısı ve büyük yapısal kromozom değişiklikleri (>10 MB),
• RNA-NGS ile T-ALL ilişkili füzyon/yeniden düzenlenmeler ve nadir/kriptik olaylar,
• DNA-NGS ile T-ALL biyolojisinde rol alan lösemi ilişkili SNV/indeller ve valide kapsamda CNV bulguları,

değerlendirilir.

Bu yöntemlerin birlikte kullanılması, tek bir yöntemle gösterilemeyecek farklı genetik değişikliklerin daha kapsamlı şekilde araştırılmasına olanak sağlar.

T-ALL Geniş Paneli, Temel Paneli’nin tüm bileşenlerine ek olarak IG/TR klonal hedef analizi ile moleküler MRD hazırlığını içerir. Seri NGS-MRD ölçümleri ayrı takip testleri olarak planlanır.

Genetik Alt Tiplerin Sınıflamadaki Yeri

WHO-HAEM5, T-ALL/LBL içinde ETP-ALL’yi immünfenotipik bir varyant olarak tanımlamaktadır. ICC’de BCL11B-activated ETP-ALL/LBL genetik olarak tanımlanan bir kategori olarak yer alırken; TAL1/2-R, TLX1-R, TLX3-R, HOXA dysregulated, LMO1/2-R, NKX2-R, SPI1-R ve BHLH-other grupları provisional kategoriler olarak tanımlanmaktadır. Bu alt grupların önemli bir bölümü TCR/enhancer hijacking, non-kodlayan yapısal değişiklikler veya anormal gen ekspresyonu ile oluşabildiğinden, yalnızca füzyon çağrısına dayalı RNA analizi tüm olguları eksiksiz sınıflandırmayabilir. Güncel geniş genomik çalışmalar STAG2/LMO2, HOXA9-TCR ve ETP-like gibi ek biyolojik alt grupları da tanımlamıştır; bunlar WHO/ICC kategorileri ile birebir eşdeğer kabul edilmemeli ve klinik risk değerlendirmesi kullanılan tedavi protokolü ve MRD bulguları ile birlikte yapılmalıdır.

Eklerin Moleküler Değerlendirmeler Ne Zaman Gereklidir?

Temel Paneli ile elde edilen bulgulara, kullanılan tedavi protokolüne, örnek özelliklerine ve hastanın klinik gereksinimlerine göre seçilmiş olgularda hedefe yönelik doğrulama, ek analizler veya daha ileri moleküler/genomik değerlendirmeler gerekebilir.

ETP-ALL Değerlendirmesi

ETP-ALL tanımı esas olarak immünfenotipik özelliklere dayanır ve tek bir tanımlayıcı genetik değişiklik bulunmaz. BCL11B aktivasyonu ETP-ALL olgularının bir alt grubunda görülebilir ve çoğunlukla BCL11B yeniden düzenlenmeleri veya enhancer değişiklikleri ile ilişkilidir. ICC’de “BCL11B-activated T-ALL/LBL” genetik olarak tanımlanan bir kategori olarak yer almaktadır; ancak BCL11B ile ilişkili her yeniden düzenlenme bu kategoriyi tanımlamaz ve BCL11B aktivasyonu ETP-ALL tanısı için gerekli değildir. FLT3/JAK-RAS yolakları, WT1, DNMT3A, RUNX1/ETV6 ve PRC2 genlerindeki değişiklikler destekleyici olabilir; tek başına tanı koydurmaz. BCL11B aktivasyonu sıklıkla enhancer hijacking ve diğer non-kodlayan yapısal olaylarla oluşabildiğinden, RNA-NGS’de füzyon saptanmaması BCL11B-activated alt tipini tek başına dışlamaz; seçilmiş olgularda gen ekspresyonu ve/veya geniş yapısal varyant analizi/WGS destekleyici olabilir.

IG/TR Klonal Hedef Analizi ve MRD Hazırlığı

T-ALL’de tedavi yanıtının hassas izlenmesi, başlangıçtaki genetik karakterizasyon kadar önemlidir.

Bu amaçla tanı sırasında özellikle T-hücre reseptör (TR), uygun olgularda ise immünoglobulin (IG) gen bölgelerindeki hastaya özgü klonal yeniden düzenlenmeler (klonotipler) belirlenebilir.

Akım sitometrik MRD ve moleküler IG/TR temelli MRD değerlendirmeleri, kullanılan tedavi protokolü ve laboratuvar validasyonuna göre ayrı veya tamamlayıcı yöntemler olarak planlanabilir.

Tanıda belirlenen hastaya özgü IG/TR klonotipleri, uygun hastalarda tedavi sürecinde NGS tabanlı ölçülebilir rezidüel hastalık (NGS-MRD) takibi için kullanılabilir. Takip örneklerinde tanıda belirlenen lösemi ilişkili klonotiplerin varlığı ve düzeyi valide edilmiş NGS-MRD yöntemi ile değerlendirilir. Analitik duyarlılık, ölçüm sınırları ve raporlama kriterleri kullanılan NGS-MRD yönteminin laboratuvar validasyonu doğrultusunda tanımlanmalıdır.

Bu nedenle IG/TR klonal hedef analizi Temel Paneli’nin rutin içeriğinde yer almaz; Geniş Paneli kapsamında moleküler MRD hazırlığı amacıyla sunulur. Seri NGS-MRD ölçümleri ayrı takip testleri olarak planlanır.

Takip, Refleks ve Ek/İleri Değerlendirmeler Nedir?

Bazı moleküler takip, refleks ve ek/ileri değerlendirmelerin tüm hastalara başlangıçta uygulanması gerekli değildir. Temel Paneli sonucuna, tedavi yanıtına, örnek kalitesine veya ortaya çıkan klinik/genetik gereksinime göre bu testler takip sürecinde veya ikinci aşamada planlanabilir.

Hedefe Yönelik FISH/Doğrulama Analizleri

RNA-NGS analizinde saptanan veya şüphelenilen yeniden düzenlenmeler, klinik ve teknik gereksinime göre uygun hedefe yönelik FISH analizi ile doğrulanabilir. RNA-NGS analizinin teknik olarak yetersiz veya sonuçsuz olduğu, ancak belirli bir yeniden düzenlenme şüphesinin devam ettiği olgularda seçilmiş hedeflere yönelik FISH refleks olarak planlanabilir. Hedefe yönelik FISH, T-ALL Temel Paneli’nin rutin başlangıç içeriğinde yer almaz.

T-ALL CNV/MLPA Doğrulaması

DNA-NGS tabanlı CNV analizinde saptanan veya teknik olarak şüpheli kopya sayısı değişiklikleri, klinik ve teknik gereksinime göre MLPA P383 T-ALL veya uygun alternatif bir yöntemle doğrulanabilir. MLPA, T-ALL Temel Paneli’nin rutin başlangıç içeriğinde yer almaz.

NU214::ABL1/Diğer ABL1 Yeniden Düzenlemeleri Saptanan Hastalarda

NUP214::ABL1 veya diğer ABL1 ilişkili bir yeniden düzenlenme/amplifikasyon saptanan hastalarda:

• Bulgular gerektiğinde uygun ortogonal yöntemle (ör. FISH) doğrulanır ve füzyon partneri/transkript yapısı belirlenir,
• Uygun olgularda izlenebilir moleküler hedef için bazal düzey belirlenebilir,
• Tedavi protokolü ve klinik gereksinime göre hedefe yönelik tedavi açısından multidisipliner değerlendirme yapılabilir.

ABL1 hedefli tedavi uygulanmış ve yetersiz yanıt, direnç veya relaps gelişmiş olgularda, valide yöntemler kapsamında ABL1 kinaz domeni (ABL1 TKD) mutasyon analizi tedavi sürecinde ek inceleme olarak değerlendirilebilir.

Genetik Alt Tip Şüphesi Devam Eden Hastalarda

RNA-NGS teknik olarak yetersiz veya sonuçsuz olduğunda ve belirli bir yeniden düzenlenme şüphesi devam ettiğinde, seçilmiş hedefler için hedefe yönelik FISH veya alternatif valide RNA yöntemi kullanılabilir.

RNA-NGS teknik olarak yeterli olduğu halde genetik alt grup şüphesi devam ediyorsa; BCL11B, TAL1/2, LMO1/2, TLX1/TLX3 ve NKX2 ailesi gibi TCR/enhancer hijacking veya diğer non-kodlayan düzenleyici olaylarla aktive olabilen alt gruplar açısından valide gen ekspresyon sınıflayıcısı ve/veya geniş yapısal varyant analizi/WGS değerlendirilebilir. Bu tür olayların bir bölümü klasik füzyon transkripti oluşturmadığından negatif füzyon sonucu ilgili biyolojiyi tek başına dışlamaz.

Bütüncül Değerlendirme

T-ALL Temel / Geniş Paneli ile klinik veya teknik gereksinime göre uygulanan refleks analizler, tedavi sürecindeki seçilmiş ek incelemeler ve ek/ileri genomik değerlendirmeler birlikte değerlendirildiğinde; genetik karakterizasyonun, moleküler alt grup şüphesinin, klinik açıdan anlamlı ve/veya hedeflenebilir değişikliklerin ve uygun olgularda moleküler MRD hazırlığının bütüncül değerlendirilmesi amaçlanmaktadır. Genomik alt tiplerin prognostik ve terapötik ağırlığı kullanılan tedavi protokolüne göre değişebilir. Seri NGS-MRD ölçümleri ayrı takip testleri olarak planlanır; her hastada tüm refleks ve ek/ileri incelemelerin uygulanması gerekli değildir.

Kılavuz / sınıflama uyumu notu: Bu yaklaşım WHO-HAEM5 ve ICC sınıflamaları, GFCH T-ALL sitogenetik önerileri, güncel EuroMRD IG/TR MRD kılavuzu ve güncel T-ALL genomik literatürü dikkate alınarak yapılandırılmıştır.