Это технология, которая позволяет секвенировать все молекулы РНК, экспрессируемые в клетке в определённый момент времени, и проводить их количественное сравнение по заданным параметрам. По сравнению с данными, полученными при секвенировании ДНК, исследования на основе РНК позволяют получить информацию о динамической структуре клетки и происходящих в ней биологических процессах. В настоящее время секвенирование РНК стало неотъемлемой частью как рутинной диагностики, так и научных исследований.
Некоторые области применения:
-
Расшифровка механизмов заболеваний
-
Выявление новых мишеней для лекарственной терапии
-
Обнаружение диагностических и прогностических биомаркеров
-
Определение функциональных последствий вариантов, выявленных при анализе ДНК
-
Выявление альтернативных транскриптов
-
Обнаружение продуктов слияния генов (fusion) и транслокаций
-
Выявление вариантов РНК
-
Анализ некодирующих РНК
Особенно широко этот метод применяется при диагностике, выборе лечения и мониторинге прогноза при лейкозах и лимфомах. В рутинной практике при исследовании лейкозов и лимфом чаще всего используются методы FISH и ПЦР в реальном времени (Real-Time PCR), направленные на выявление определённых слияний генов, делеций и дупликаций. Иными словами, исследуются только заранее выбранные участки. Параметры, анализируемые с помощью FISH и методов реального времени, определяются исходя из их значения для диагностики и прогноза. Однако секвенирование РНК позволяет не только выявлять уже известные клинически значимые слияния генов, но и обнаруживать новые гены-кандидаты для иммунотерапии, а также варианты генов, которые могут влиять на прогноз заболевания и дальнейшее наблюдение. С помощью этого метода можно анализировать все слияния генов, внутригенные инверсии, дупликации и уровни экспрессии генов. Поэтому секвенирование РНК особенно эффективно в случаях, когда невозможно установить точный диагноз, заболевание протекает нетипично, отсутствует ответ на лечение или возникают осложнения в процессе терапии.
Секвенирование РНК позволяет выявлять вариации числа копий (CNV), такие как делеции и дупликации, а также аномалии слияния генов и их функциональные последствия, которые часто встречаются при лейкозах. Кроме того, при совместном применении с секвенированием экзома этот метод позволяет выявлять наследственные формы лейкозов и других онкологических заболеваний, а также обладает высоким потенциалом для обнаружения практически всех вариантов, связанных с лейкозами, включая полисомии, одновременно с оценкой их функционального значения.