Ekzom Sekanslama (WES)
Ekzom sekanslama, bir bireyin genetik kodundaki DNA diziliminin sırasını belirlemek ve genetik bozuklukları tespit etmek amacıyla kullanılan bir tekniktir. Bu teknik günümüzde genetik varyasyonları belirlemek için sağlık sektöründe uygulanmakta ve araştırmalarda daha fazla kullanılmaktadır. Bu nedenle hastalığı tetiklediği bilinen mutasyonların birçoğu ekzomlarda meydana gelmektedir. Ekzom dizilemesinin hastalığa neden olan mutasyonları tanımlamada efektif bir teknik olduğu düşünülmektedir. Ekzom ve genom dizilerinin sürekli olarak incelenmesi, gelecekte hastalık teşhisine yardımcı olacaktır. Buna ek olarak yeni genetik varyasyonların sağlık koşullarıyla ilişkili olup olmadığını belirlemektedir.
Ekzom sekanslama tekniği sadece seçilmiş birkaç genin değil, herhangi bir genin protein kodlayan bölgesindeki varyasyonların tanımlanmasına ve bilgi sağlanmasına izin vermektedir. Ekzom sekanslama, genomun protein kodlayan bölgelerini hedefleyen tam ekzom dizileme teknolojisi ile önceden tespit edilememiş bilinmeyen hastalıklar için yeni nedensel mutasyonları belirlemede başarısını kanıtlamıştır. Özellikle hastalık gelişiminden önce önleyici olarak hareket etme veya henüz teşhis edilmemiş bir hastalık için tedaviye başlama kabiliyetini artırma potansiyeline sahiptir. Bu doğrultuda ekzom sekanslama ile genetik hastalık ve kanser çalışmaları dâhil olmak üzere geniş bir uygulama yelpazesinde kodlama varyantları verimli bir şekilde tanımlanabilmektedir. Bu yöntem özellikle hastalarda klinik ve laboratuvar incelemeleri ile tanı konulamayan genetik hastalıkların ve çok sayıda genin sorumlu olduğu hastalıkların tespitine yönelik yapılan yeni nesil dizilime yöntemlerinden birisidir. Bu kapsamda ilgili yöntem ile ekzom dizileme verilerinin yorumlanması, bulguların hasta başına doğru ve güvenli bir şekilde rapor edilmesi genomik bilişim ve klinik tıpta uzmanlık gerektirmektedir. Buna ek olarak test ile ayrıca genetik kanser yatkınlıkları, akraba evliliği yapan bireylerin riskli gebelik/çocuk olma durumlarının değerlendirilmesi ve klinik takip gerektirebilecek hastaların tespiti gibi durumlar da yorumlanabilmektedir. Bu testin yapılma amacı 2021 verilerine göre 20.500 kadar genin tek seferde, daha az maliyetle ve kısa sürede sonuçlandırılmasıdır.
Ekzom sekanslama verilerinin değerlendirilmesi ise; bireylerin klinik bulguları ve aile öykülerine göre güncel bilimsel veriler ışığında yapılmaktadır. İnsanlardaki 20.500’den fazla genin günümüzde 8000 adetinin hastalıklar ile ilişkisi bilinmektedir. Hastada araştırılan hastalıklar/bulgular, literatürde bildirilen vakaların bulguları yönünden değerlendirilip, tespit edilen varyantların patojeniteleri in siliko değerlendirme araçları analizleri (SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster, MetaLR..) ile ACMG (American College of Medical Genetics) kriterlerine göre rapor edilmektedir. Bu çalışmalar sonucu, hastanın tanısına yönelik varsa tedavi yöntemlerinin belirlenmesi, aile bireylerinde tarama yapılarak hastalık/taşıyıcılık riski olan bireylerin tespit edilmesi ve ailenin sonraki gebeliklerinde bu hastalığın önlenebilmesine olanak sağlar. Bu analizlerin sonuçlanması normal şartlar altında yaklaşık 1-2 ay kadar sürmektedir.
Ekzom sekanslamada;
• 20.500 genin dizi analizi
• Kopya sayısı değişiklikleri
• Klinik önemi olan HLA varyantları değerlendirilir.
Analizde;
• Hastanın klinik bulgularını açıklayabilecek varyantlar
• Kişinin istemesi halinde ileriki hayatında önemli olacak ve tedavi edilebilir varyantlar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/acmg/ web sayfasındaki ve benzeri) raporlanır.
Analiz dört aşamadan oluşur;
• Laboratuvarda veri üretilmesi
• Biyoinformatik
• Klinik değerlendirme
• Konfirmasyon
Kaliteli bir analiz için;
• Laboratuvarda üretilen verinin çözünürlüğü
• Biyoinformatikte verinin detaylandırılması, kalite değerlendirmesi ve yüksek riskli varyantların belirlenmesi
• Hasta muayene ve değerlendirmesi konusunda deneyimli bir hekimin süreci gözden geçirmesi ve klinik bakış açısı
• Elde edilen verilerin teyidi, aile taraması ve tespit edilen varyantın patojenisitesinin değerlendirilmesi için gerekli ek analizler (RNA dizileme, Western Blot, hastadan röntgen, biyokimya gibi ek testlerin istenmesi ve değerlendirilmesi)
• Merkezin elindeki verilerden elde edilmiş istatistiklerinin olması
• Tanısı konulamayan yada kuşkuda kalınan hastaların verilerinin uygun aralıklar ile gözden geçirilmesi ve güncel literatür eşliğinde yeniden yorumlamaların yapılması gereklidir.
Raporlama;
Analiz ekibinin elde edilen verileri hastanın ve klinikçinin işine yarar halde bir klinik rapora dönüştürme sürecidir. Bir veri yığınının içinden seçilen varyantların doğru yorumlaması ve klinikçinin yönlendirilmesi için gerekli verileri içeren raporlar hazırlanır.